The HMD domain of the PAF complex primes Rad6-Bre1 E3 ligase complexes for H2B ubiquitination
该研究通过 AlphaFold 建模、生化重构及功能实验，揭示了 PAF 复合物亚基 Prf1 的 HMD 结构域通过其 RING 结合区（RBR）重新定位 HULC 复合物中的 RING 结构域，从而将 Rad6-Bre1 E3 连接酶复合物“启动”至催化活性构象，进而促进组蛋白 H2B 泛素化的分子机制。
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molecular biology
376 篇论文
23S rRNA modifications stimulate catalytic activity and prevent the formation of alternative structures
该研究表明，大肠杆菌核糖体23S rRNA靠近肽基转移酶中心的修饰通过稳定其天然结构、防止非功能性构象形成，从而显著增强肽键形成的催化效率并维持热稳定性。
Linear-time prediction of proteome-scale microbial protein interactions
本文提出了 FlashPPI 框架，利用基于残基相互作用的对比学习和基因组语言模型，实现了微生物蛋白质组尺度下物理相互作用界面的线性时间预测，在显著提升预测精度和速度的同时，大幅降低了计算成本并推出了集成化的网络分析平台。
Spatial organization of myofibroblastic and complement-secreting CAFs in neuroendocrine tumors
该研究利用近单细胞空间转录组技术，揭示了胰腺、结肠、阑尾和胆管等不同解剖部位的神经内分泌肿瘤具有保守但空间分隔的基质架构，其中肌成纤维细胞样和补体分泌型癌症相关成纤维细胞分别富集于胶原密集区和肿瘤邻近的基质界面。
Exapted CRISPR-Cas12f homologs drive RNA-guided transcription
该研究揭示了一种由 RNA 引导的转录新机制，其中核酸酶失活的 Cas12f 蛋白与 σE 因子形成复合物，能够不依赖传统启动子序列而直接招募 RNA 聚合酶，从而实现可编程的基因激活。
Herbivorous insects independently evolved salivary effectors to regulate plant immunity by destabilizing the malectin-LRR RLP NtRLP4
该研究揭示了烟粉虱和褐飞虱等植食性昆虫独立进化出各自的唾液效应蛋白（BtRDP 和 NlSP104），通过靶向并促进植物 LRR-RLP 受体（如 NtRLP4/OsRLP4）的泛素化降解，从而协同抑制植物免疫反应。
A full-length single nuclei transcriptomic atlas of human skeletal muscle insulin resistance
该研究通过整合全长单核转录组学与金标准胰岛素钳夹技术，构建了人类骨骼肌胰岛素抵抗的核分辨率图谱，揭示了不同肌核亚群（如 MYH7B+ 与 EGF+）对胰岛素敏感性的特异性影响，并阐明了 ZIP14 及 EGF 信号通路在其中的关键调控机制。
Autophagy induction requires the suppression of potassium influx mediated by phosphatases
该研究揭示了酵母中 Ppz1 和 Ppz2 磷酸酶通过抑制钾离子转运蛋白 Trk1 和 Trk2 的活性来降低胞内钾离子浓度，从而作为自噬诱导的关键调控机制。
The binding of OTULIN restrains LUBAC activity to prevent TNF-driven immunopathology
该研究揭示 OTULIN 与 LUBAC 的直接物理结合是限制 LUBAC 活性及 Met1 连接泛素链积累的关键“刹车”机制，其缺失虽不引发自发性免疫病理，但会增强 TNF 信号并导致急性感染期间的组织损伤加剧。
Modeling Sex Differences and Neurodegeneration in Repetitive Traumatic Brain Injury Using Drosophila
该研究利用新型力控果蝇重复性脑损伤模型，揭示了重复性脑外伤导致性别特异性的运动与认知缺陷、神经退行性病变及线粒体相关蛋白组的破坏，为理解脑外伤的长期病理机制提供了重要工具。
Fully Phased Telomere-to-Telomere Assemblies for Thoroughbred Horse and Donkey Haplotypes derived from a Mule Illuminate the Peculiar Evolution of Equid Centromeres
该研究利用骡子构建了纯血马和驴的全长端对端单倍型基因组组装，揭示了马科动物着丝粒卫星 DNA 与功能解耦的独特进化特征，为理解其核型快速重塑提供了关键资源。
Targeted DNA methylation editing in vivo
本研究开发并表征了三种 Cre 依赖的 CRISPR 小鼠品系，实现了体内特定位点 DNA 甲基化的精准编辑，从而证实了 DNA 甲基化对基因表达的因果效应具有位点依赖性，为解析疾病相关 CpG 位点的因果关系提供了关键工具。
Epigenetic regulation of TERRA transcription, R-loop formation, telomere integrity and metacyclogenesis by base J in Leishmania major.
该研究表明，在利什曼原虫中，DNA 超修饰碱基 J 通过调控 Pol II 转录终止来抑制 TERRA 的异常合成，从而维持端粒完整性并控制寄生虫的发育分化，其缺失会导致 TERRA 水平升高、端粒损伤加剧以及细胞活力下降。
Synergistic Notch-WNT Activation Underlies Pediatric Dilated Cardiomyopathy
该研究揭示儿科特发性扩张型心肌病由发育期Notch-WNT信号通路的病理性协同激活驱动，导致心肌重构和僵硬度增加，而抑制该通路可改善心脏功能，从而确立了针对该年龄段的特异性治疗策略。
Antagonist binding actively disrupts interleukin-1 receptor dynamics to block co-receptor recruitment
该研究结合分子动力学模拟与多尺度柔性建模，揭示了 IL1R1 拮抗剂并非被动失效，而是通过主动增加远端 D3 结构域（特别是共受体结合界面）的灵活性来破坏受体动态，从而在分子机制上阻断了共受体的招募与信号激活。
HIF-1α coordinates adrenal steroidogenesis through direct transcriptional control and regulation of miRNA biogenesis
该研究揭示 HIF-1α通过直接结合类固醇生成酶基因及调控 miRNA 生物合成相关基因的表达，在转录和转录后水平协调肾上腺类固醇生成，从而阐明了缺氧信号整合基因表达与 RNA 调控机制以控制内分泌功能的新机制。
Molecular Diversity and Recombination Patterns of the ORF7 (Nucleocapsid) Gene in Betaarterivirus americense Variants Circulating from Lima, Peru
本研究揭示了秘鲁利马地区流行的猪繁殖与呼吸综合征病毒 2 型（PRRSV-2）ORF7 基因存在显著的遗传多样性，表现为 1A 和 5A 谱系的共循环、关键抗原表位区域的氨基酸变异以及跨谱系重组事件的发生。
Longitudinal in vivo human wound healing model defines key role for smooth muscle cells in ECM remodeling
该研究通过建立人体伤口纵向愈合模型，揭示了平滑肌细胞通过分泌 TIMP1 驱动细胞外基质重塑在伤口修复中的核心作用，并发现该机制的缺陷是导致糖尿病足溃疡不愈合的关键原因。
Unified function of FACT in mammalian chromatin replication and transcription, dissolving and restoring nucleosomes to counteract genome aggregation
该研究揭示了组蛋白伴侣 FACT 在哺乳动物细胞中通过动态解聚和重组核小体，协调复制与转录进程并维持染色质结构，从而防止基因组发生异常聚集的统一机制。
RNA-DNA triplex-forming miRNAs define an evolutionarily recent chromatin regulatory mechanism
该研究揭示了一类仅在灵长类动物中进化出现的、能够通过形成 RNA-DNA 三链体结构并结合 Ago2 蛋白从而在染色质水平调控基因转录的新型 miRNA 机制。